Preservando o conceito de ecologia a Pousada Ze Maria Foi concebida num projeto ecologicamente correto, que nao retirou nenhuma arvore do local onde foi construida a pousada. Em seu projeto paisagistico foi plantando mais de 800 arvores. Ainda reutilizando um moderno sistema de tratamento e reaproveitamento de agua.
Na construcao de seus 14 novos bungalows foi respeitadas todas as normas tecnicas do Ibama e dos orgaos gestores de Fernando de Noronha. Ate a idealizacao dos Bungalows construídos em palafitas teve um proposito ecologicamente corrento, onde visa nao interromper o curso natural das aguas das chuvas, sendo assim cada vez menor o impacto de uma obra da envergadura da pousada do Ze Maria.
Quase toda energia consumida na Pousada e proveniente da captacao da Energia Solar. Tendo em vista o grande consumo de energia da Pousada e da Pouca demanda de energia treomoeletrica da Ilha que e atraves de geradores movidos a oleo Diesel.